“思想矛盾”是一个森田疗法特有的专业名词，也被认为是会导致大量压力、甚至引发神经症相关症状的重要原因之一。简单来说，思想矛盾指的是理想与现实的差异，这里的理想是指人们在脑中认定的“我理应”“我可以”“我必须”的状态，如果现实情况达不到这个理想状态，人们经常就会因此产生很大的精神负担。
比如，很多人无法容许自己有所失误。任何因为所谓的“马虎”“大意”“没想到”“忘记了”而导致的错误都久久无法释怀。这种情况下他的理想就是“我可以完美的做到这一切，不出现任何错误”，而现实是“我失误了”。也有些人会不断地去回顾过去已经发生过的事情，去思考“如果我当时不是这样做而是那样做了的话，是不是就会有更好的结果”，他的理想甚至不是一个具体的目标，而是一个虚幻的“更好的结果”，因此现实永远也追不上理想，思想矛盾便因此产生。
有些人理想的主体并不仅限于自身，而是更加广泛。比如“我的孩子就应该一切都听我的”，“我的爱人必须理解我的一切感受”，“事情一定要按照这样的走向发展”。但其实个人的主观意志是没办法完全地控制其他人的想法做法，以及事情发展的走向的，勉强想要去控制一切，在脑中画好了完美的蓝图，则更容易因为现实与理想不符而感到深深的痛苦。这种痛苦长期大量积累，便很容易出现一些由心理因素引起的症状。
